阿尔金山国家自然保护区地处青藏高原北部无人区，为典型的高原生态系统保护区，是我国青藏高原特有物种藏羚羊最主要的分布区之一。区内藏羚羊的生活、交配、繁殖、迁徙活动都发生在这个相对封闭的系统内，同时也伴有部分藏羚羊向周边地区的迁徙行为。
八十年代，保护区的建立曾使高原生态环境系统得到了有效的保护，高原特有物种数量呈恢复发展势头。但是，由于国际市场“沙图什”贸易猖獗，致使周边不法分子冒险涌入保护区，大肆疯狂盗猎藏羚羊。人们曾目睹了十年前保护区拥有10万只羚羊的景象，现在却面对的是藏羚羊被取皮弃尸血淋淋的场面。

1989年以后，保护区又相继出现多次采金高潮，大量的人为活动，不仅严重破坏了矿产资源，同时也打破高原原有的宁静，干扰和破坏了野生动物的生存环境，扰乱了它们的栖息地。针对如此严峻的事实，项目组经过反复的思索，确定从基础科研入手，全面、深入了解藏羚羊的分布规律、活动情况和现状，制定切实可行的保护措施，重点加强藏羚羊主要分布区的保护。通过多年的科研、保护、宣传工作，唤起了各级政府及国内外有识之士的重视，从根本上堵住了沙图什贸易的源头，使濒临灭绝的藏羚羊种群得以保存下来。

通过基础研究和调查，项目组基本掌握了东昆仑北部山区藏羚羊繁殖种群的情况，并根据规律，制定了适合于高原环境的藏羚羊保护对策，并产生了良好的效果。开展此项目能使三大保护区（阿尔金山、可可西里、羌塘）共同应用现有科研成果，通过加强横向联合起到有效保护的目的，为探索新的自然保护区管理途径提供经验，其保护的思路可以和西藏、青海地区保护藏羚羊的组织、单位共享。